Загребский universitetas yra labai senas ir ne tik teritorijoje, Kroatijoje, bet ir Pietryčių Europoje. Data savo oficialaus įkūrimo laikomas m. rugsėjo 23 d. 1669 m., kai romos imperatorius ir венгерско-kroatų karalius Леопольд I išleido įstatymą, признающий teises ir statusą universiteto švietimo įstaigų buvęs иезуитской akademijos, kad veikti teritorijoje nemokama royal miesto Загреба, buvusios Karalystės sostine Kroatijos ir Славонии. Ši data yra pradedant istorija Загребского universiteto jį kovoje dėl претворение į gyvenimą gavo teises ir gauti padoraus vietos tarp gerbiamų ir представительных universitetų ir академий Vidurio Europoje.

Istorija Загребского universiteto šiuolaikiniame jo forma prasideda nuo iniciatyvos джяковского vyskupas ir видного хорватского мецената Йосипа Юрая Штроссмайера, kai jis 1861 m. pasiūlė organizuoti universitete keturis fakultetas: sveikatos, теологический, filosofinis ir teisinis. Šis pasiūlymas buvo keletą metų, ir 1874 metais kroatų parlamentas priėmė šią iniciatyvą ir prezidiumo nutarimas "Apie universitetą". Tais pačiais metais universitetas pasikeitė pavadinimą ir tapo vadinamas Šiuolaikinės universitetas Загреба.

Nuo 1990-ųjų universitetas buvo gauta didelė autonomija, tuo pačiu metu prasidėjo prisijungti prie Болонскому procesui.