Senovės tradicija pasakoja, kad į 1364 m. lietuvių etiopijos didıiúnas vardu Гоштаутас, pakvietė į šalį, 14 францисканских vienuoliai ir padovanojo jiems namus, kad jie galėtų обосноваться šalyje. Kai Гоштаутаса dingo, visi vienuoliai, buvo nužudyti. Šiek tiek laiko praėjus, etiopijos didıiúnas pakvietė kitų vienuoliai įmesti į upę. Naujų vienuoliai jis поселил į kitą vietą, o vietoje убиенных vienuoliai jis pastatė bažnyčia, pavadinta Šventojo Kryžiaus.

Į 1524 m. bažnyčia sudegė. Į 1635 metais ši vieta buvo kunigai бонифратры. Jie pradėjo savo veikla nuo to, kad buvo pastatyta nauja bažnyčia, Šventosios Kryžiaus, įkūrė šalia одноименный vienuolynas ir atvėrė teritorijoje vienuolyno ligoninę. Vėliau ligoninę pavertė pastogę norėdami reikšme. Bažnyčia Гоштаутаса buvo paimtas í pagal монастырское patalpą. Психиатрическая ligoninė veikti čia iki 1903 m., kai buvo perkelta į naujas pastatas, pastatytas specialiai психиатрической лечебницы.

Į 1737 m. bažnyčia vėl sudegė. Į 1748 m. bažnyčia buvo отреставрирован, buvo visiškai ремонтирован interjeras buvo įrengtas šešių алтарей, ir buvo įdiegta костельная kėdė, pastatytas baroko stiliaus. Taip pat baroko stiliaus оформлен fasadas ir pats pastatas vienuolynas. Nors po šio atstatyti į экстерьере pastato atsirado ir elementai varpinė. Viduje šventyklos, didinga bokštas virš erdvus patalpa akmens, turinti kryžiaus pavidalo arkos. Įdomu derinys architektūros elementų baroko, varpinė ir неорококо.

Šventyklos teritorijoje yra šaltinis, считающийся чудодейственным. Legendos sako, kad šaltinis pasirodė netikėtai šalia nekaltojo Prasidėjimo statula. Tai yra būtent ta vieta, kur buvo kankinamas убиенные vienuoliai францисканцы. Sako, kad ypač buvo paguoda įtakos šio šaltinio vanduo į pacientų, kenčiančių глазными ligomis.

Į костеле yra dar ir чудотворный kryžius, kuris yra nustatytas virš pagrindinio алтарем. Toliau kryžiaus pateiktas vaizdas Пресвятой mergelės Marijos su kūdikiu. Manoma, kad modelio parašyta 17 amžiuje, bet доподлинное kilmės modelis nežinomas. Ji taip pat причислена prie чудотворным tvariniams. Kopiją чудотворной paveikslai Пресвятой mergelės Marijos su kūdikiu, kaip freska, galima pamatyti ir pradiniame priekiniame skydelyje Bažnyčias. Tai yra pagal арочным фронтоном, kuris į 1737 m. tarp dviejų šoninių bokšteliai bažnyčias.

Tarp 1914 ir 1924 m. per metus šventykloje buvo atliekamos specialios tarnybos besimokantiems lietuvos mokyklų. Laikotarpiu, kai Vilnius buvo оккупирован Lenkija, šventykloje neatlikta paslauga lietuvių kalba.Į 1843 m. Užsakymo бонифратров buvo упразднен, ir vietoje vienuolyno liko tik jų atstovybę. Į 1909 m. bažnyčia vėl buvo ремонтирован. Po Pirmojo pasaulinio karo, 1924 m. m. vyskupas Юргис Матулайтис pakvietė бонифратров grįžti į vienuolynas ir Švento Kryžiaus. Grįžti į vienuolyną, vienuoliai buvo labai своевременен. Jie pataisyta bažnyčia, воздвигнув joje šeši алтарей. Taip pat jie pastatė, kai šventoji gyvenamajame prieglobstis vyresnio amžiaus žmonių ir nemokamą šaukštas kad reikia "Каритас".

Pradžioje Antrojo pasaulinio karo broliai iš Вильны buvo grąžinta užsakymo бонифратров. 1947 m. šv приютил seserų kongregacija "Mergelės nekaltojo Prasidėjimo bažnyčia "santa Maria". Tačiau господствовали jie čia neilgai. Sovietų valdžia uždarė 1949 m., ir vienuolynas, ir šventykla. Į vienuolyno pastatuose buvo įsikūrę gyvenamieji butai.

1976 m., yra отреставрировали ir surengė jame koncertų salė Vilniaus филармонии, vadinamasis "Mažasis " baroko". Čia устраивались koncertai органной muzikos.

Вильнюсское архиепископство buvo atgal į savo pastato tik po keitimo valstybės neveikia, 1990 metais. Yra ir pastatai vienuolynas buvo atstatytas, освящены ir perduota naujai монахиням seserų kongregacija "Mergelės nekaltojo Prasidėjimo bažnyčia "santa Maria".