Vienuolynas buvo įkurtas dugno dalyje gyvybės Морой Диаш, 1280 m. vienuolės-клариссок. Šv просуществовал neilgai, ir 1311 metais jis nutraukė savo egzistavimą. Į 1316 m. žmona karaliaus Диниша I, karalienė Izabelė Portugalijos, atstatė šį šv.

Karalienė Изабеллу Португальскую vadinami dar "Šventoji karalienė" dėl savo išskirtinės набожности ir teisumo. Karalienė taip pat славилась savo geram pobūdį, основывала ligoninės, prieglaudos ir mokyklos. Po mirties savo vyro, karaliaus Диниша, ji удалилась į šį vienuolyną. O 1336 metais karalienė mirė ir buvo похоронена į монастыре įkapių, украшенной į готическом stiliaus. Iš 1626 metais karalienė Izabelė buvo канонизирована už savo meilę ir gerus darbus.

Pirmasis architektas vienuolynas buvo Домингош Домингуес, žinomas savo darbu per galerijų vienuolyno Алкобаса. Toliau darbas tai architektas Эштевао Домингуес, kuris išgarsėjo savo darbais virš galerijų Piazza del duomo " į Лиссабоне. Į 1330 metais surengė šventyklos pašventinimo, o šiek tiek vėliau prie pietų bažnyčios buvo пристроен šv. Монастырю labai dažnai преподносились pinigų aukos ir dovanos. Pradžioje XVI a. bažnyčia buvo украшена севильской plytelių ir buvo įrengti naujas aukurus.

Kadangi vienuolynas ir bažnyčia buvo pastatyta kairiajame upės Мондего, tai jau per metus pastatas buvo užtvindytas вышедшими iš krantų upės vandenyse. Per kelis šimtmečius šv затапливался daug kartų. Dėl dažnų potvynių монастыре buvo neįmanoma gyventi, ir karalius Иоан IV įsakė palikti pastatą ir persikelti į naujas vienuolynas šv Santa Clara-a-Nova, pastatyta ant kalvos, netoli nuo senojo pastato. Kapas su žemėmis karalienės Изабеллы ir kitų karaliaus identifikacijų buvo perkelta į naują pastatą.

Laikui bėgant senas vienuolynas virto griuvėsiais. Į 1910 metais pastatas buvo занесено į paminklų sąrašą. nacionalinės reikšmės, ir kai kurie реконструкционные darbai buvo atlikti XX amžiaus pirmoje pusėje.