Istorija Japonijoje buvo laikai, kai valdovai благоприятствовали skleisti krikščionybės, ir laikotarpiai, kai привезенное iš už vandenyno вероучение оказывалось į опале, o jo pasekėjai buvo žiaurus гонениям. XV ir XVI a. krikščionybė greitai taikoma salos rytinės, bet XVI amžiaus pabaigoje paaiškėjo, kad po запретом, ir gyventojai Japonijoje исповедовали jį slapta. Gyventojai Nagasakis buvo priversti kiekvienais metais įrodyti, kad yra krikščionys. Už tai jiems buvo pasiūlyti попирать nuotraukos Jėzaus Kristaus ir Dievo Motina, ir šis ritualas jiems teko vykti iki XIX amžiaus vidurio. Apskritai krikščionybė buvo uždrausta Japonijos ištisos dvi su puse amžiaus, per tą laiką buvo vykdomos, замучены arba išvaryti iš šalies tūkstančiai žmonių, исповедовавших šią religiją.

Vasario 5 d 1597 m. Nagasakis buvo viešai vykdomos už misionierišką veiklą 26 žmonių, tarp kurių buvo 20 японцев, keturi испанца, o taip pat мексиканец ir индиец. Pagal užsakymą kuris valdė tada сегуна Хидэеси Тоетоми арестованных krikščionių пытали, tada atvedė į Nagasakis ir nukryžiuotas ant крестах, įrengti ant kalvos Нисидзака. Po bausmės žuvusių kankinių ėmė garbinti kaip šventųjų ir pripažinti už jų skirtingi nuostabius darbus. Praėjus šimtui metų po jų канонизации 1962 m., ant kalvos, buvo atidarytas paminklas ir muziejus. Vasario 6 d. Katalikų Bažnyčia Japonijoje pažymi dieną iš savo atminties.

Muziejaus kolekcijoje yra pateikiami svarbūs istoriniai dokumentai, importuojami iš Europos ir sudarytus iš pačios Japonijos, meno laikotarpį ankstyvos krikščionybės Japonijoje. Ekspozicijos chronologine tvarka знакомят lankytojams pačiu laikotarpiu, ankstyvosios krikščionybės, kartais гонений į krikščionių gyvenimą ir paslaptis католиков laikotarpiu самоизоляции valstybės.

Šiuo metu krikščionybė yra trečioji iš pagrindinių religijų Japonijoje po budizmo ir синтоизма. XXI amžiaus pradžioje šalyje buvo apie 2, 5 milijonų krikščionių, daugiausia католиков.